Im weitesten Sinne ist die Pharmakologie die Lehre von den Wechselwirkungen zwischen körperfremden Stoffen und Organismen. Dabei können auch körpereigene Stoffe als Pharmaka eingesetzt werden, wenn ihre Konzentration das normale physiologische Maß übersteigt.
Im medizinischen Sinne und engerem Sinne steht der Begriff Pharmakologie für die Wissenschaft, die die Wirkungen von Arzneimitteln am gesunden und kranken Organismus untersucht.
In der Pharmakologie werden die Stoffe zunächst wertneutral, ohne Rücksicht auf die Nützlichkeit bzw. Schädlichkeit untersucht. Erst im nächsten Schritt wird zwischen Stoffen mit Arzneiwirkung (Arzneimitteln) und Stoffen mit Schadwirkung (Giften) unterschieden, wobei die Trennung oft unscharf ist.
Im Gegensatz dazu befasst sich die Pharmazie mit den chemisch-physikalischen Eigenschaften sowie mit der Gewinnung und Zubereitung von Arzneistoffen.